Direction : la direction est en charge de la réflexion prospective, de la communication interne et externe, de la visibilité des données, du secrétariat scientifique et de l’arbitrage budgétaire. Elle assure les relations avec les tutelles et l’environnement programmatique utile pour les objectifs du LMI. Elle est assistée d’un comité de direction.

Comité de direction (CoDir) : le comité de direction est composé de la Direction et de cinq animateurs de thème. Il se réunit tous les deux mois par visioconférence pour le suivi opérationnel du LMI. Il lance les appels d’offre annuels, propose un arbitrage à la direction et en assure le suivi. Il organise la réunion annuelle du LMI.

Animateurs de thème recherch - action’axe : chaque thème est animé par un binôme. Ils animent les actions de recherche, veillent à leur visibilité internationale et pilotent la cohérence inter-thème. Ils présentent les travaux et les projets du thème aux bailleurs internationaux et effectuent une veille sur les appels d’offre. Ils veillent au lien avec les actions de formation et de valorisation. Les animateurs choisissent celui qui représentera leur axe dans le Co-Dir.

Animateurs de l’axe formation et valorisation : ils sont en contact avec les responsables de formations nationales et internationales existantes et avec les directions opérationnelles. Ils veillent au suivi des objectifs de formation et de valorisation du LMI. Ils veillent aux liens avec la recherche. Ils choisissent celui qui représentera leur axe au Co-Dir.

Comité d’éthique Science/Société du LMI  : il est composé de représentants des laboratoires participants ainsi que de personnalités de la société civile choisies conjointement. Ce comité s’attachera à évaluer/étudier la dynamique des actions de co-construction et le positionnement des différents acteurs afin de guider le LMI dans ses actions de valorisation.