Direction : la direction est en charge de la réflexion prospective, de la communication interne et externe, de la visibilité des données, du secrétariat scientifique et de l’arbitrage budgétaire. Elle assure les relations avec les tutelles et l’environnement programmatique utile pour les objectifs du LMI. Elle est assistée d’un comité de direction.

Comité de direction (CoDir) : le comité de direction est composé de la Direction et des animateurs des axes. Il se réunit tous les deux mois par visioconférence pour le suivi opérationnel du LMI. Il lance les appels d’offre annuels, propose un arbitrage à la direction et en assure le suivi. Il organise la réunion annuelle du LMI.

Animateurs d’axe : chaque axe est animé par un binôme. Ils animent les actions de recherche ou de formation et valorisation. Il veillent à leur visibilité internationale et effectuent une veille sur les appels d’offre.

Comité de suivi scientifique du LMI  : il est composé des représentants de l’INE, de l’IRD au Bénin et de 9 personnalités scientifiques extérieures au LMI. Ce comité formule des propositions relatives aux orientations et aux choix scientifiques du LMI, ainsi qu’à sa cohérence.